Во втором сезоне история продолжается ровно с того места, на котором остановилась в прошлый раз. Погреб брожения и лаборатория профессора Кэйдзо Ицуки готовы к работе, и благодаря уникальному дару Саваки Тадаясу Соэмон Саваки видеть микробов и общаться с ними, разношёрстная компания студентов Ицуки берётся за производство различных ферментированных продуктов — соевого соуса, сакэ и прочего.